抗戰(zhàn)時期，國民黨高級將領(lǐng)吳克峰感于我黨大義，投身革命陣營，并隱蔽在敵軍內(nèi)部工作，成為一名光榮的“臥底將軍”。
　　吳克峰同鄉(xiāng)軍官姬少康，在鄉(xiāng)時與侍女汪寒梅戀愛并致其產(chǎn)下一子。姬父作主將汪寒眉強(qiáng)行嫁于同鄉(xiāng)侄輩吳克峰。吳家父母開通，愿意施恩收容，吳克峰卻深感汪寒眉與姬少康有染，政治面目模糊，左右為難。恰逢山河淪陷，吳克峰痛別故鄉(xiāng)，毅然踏上抗戰(zhàn)征途，自此不問家事。 危城陷落前夕，婆母病故，寒眉尋夫報喪，迷失陣中，獨(dú)子夭亡，幸被我新四軍營救于危難。在我黨的教育下，汪寒眉加入了革命工作，并被派入敵中統(tǒng)內(nèi)部，成為一名優(yōu)秀的我黨特工。
　　抗戰(zhàn)勝利后，蔣方全力進(jìn)攻解放區(qū)，我黨啟動代號“密使一號”的吳克峰，命令他執(zhí)行策反任務(wù)，瓦解敵軍。出于工作需要，代號“密使二號”的汪寒眉也前往軍中，專司協(xié)助吳克峰。已成為中統(tǒng)特務(wù)的姬少康，則被遣入部隊執(zhí)行反諜使命。三個有著深刻恩怨糾葛的同鄉(xiāng)齊集沙場，在山雨欲來的時刻，各施身手，在復(fù)雜的感情羈絆中不忘劍拔弩張，展開了一幕幕險象環(huán)生的敵后諜報斗爭。
　　吳克峰智盜城防圖、秘毀城防設(shè)施、游說司令馬淮安……一步步成功瓦解了敵軍，策反了多數(shù)進(jìn)步將士，但在姬少康和軍統(tǒng)特派員林雙木的步步緊逼下，也屢屢險象環(huán)生，幾番涉險于暴露邊緣。
　　出于單線聯(lián)絡(luò)的需要，汪寒眉長期不知吳克峰身份，吳克峰情知對汪寒眉所欠甚巨，卻無法當(dāng)面致歉，二人在秘密工作上珠聯(lián)璧合，情感上卻恩怨交集。當(dāng)終于勝利在望，傾訴衷腸之機(jī)近在眼前，卻已到生離死別之時，包括汪寒眉在內(nèi)的眾多戰(zhàn)友以慘烈的犧牲，換來了任務(wù)的成功。吳克峰痛別戰(zhàn)友，只身前往南京，準(zhǔn)備接受更艱苦的考驗。
　　抗戰(zhàn)勝利，全國人民期盼和平建國，蔣介石撕毀“和平協(xié)定”，下達(dá)剿匪令。中國命運(yùn)大決戰(zhàn)拉開帷幕。中共中央為爭取國民黨西北軍起義，決定啟用“密使一號”吳克峰，并派“密使二號”汪寒眉赴西北軍協(xié)助工作。國民黨軍統(tǒng)局派處長嵇紹康赴西北軍清查共產(chǎn)黨間諜。吳、汪、嵇三人見面引起一段往事前緣。
　　10年前，淮河岸邊美麗清純的貧民女子汪秀眉迫于生計，被父母送到大戶人家嵇家當(dāng)傭女，專職伺候才從日本留學(xué)歸來的嵇家大少爺嵇少康。嵇少康和她日久生情，開始了如膠似漆的熱戀。汪秀眉懷孕后，嵇少康迫于大家族的壓力違背了娶汪秀眉過門的誓言，汪秀眉被趕出嵇家。未婚先孕的汪秀眉被當(dāng)成家里的恥辱，匆匆嫁給了狼嘴村的吳克峰。誰知道吳克峰得知汪秀眉未婚先育并且懷有逆子，他離家出走了。在吳家盡職盡責(zé)做好兒媳的汪秀眉生下兒子，以為可以暫且偷生，可是日本人的炮火肆虐，毀滅了整個吳家，也奪走了汪秀眉和嵇少康的兒子。大難不死的汪秀眉和吳克峰的弟弟吳克嶺相繼參加新四軍，希望能一雪國恥家恨。
　　離家出走的吳克峰考入了保定軍校，畢業(yè)后加入了馮玉祥的部隊，并且和蔣經(jīng)國一起被派往莫斯科中山大學(xué)學(xué)習(xí)，光榮地加入了中國共產(chǎn)黨。回國后他沒有回到蘇區(qū)工作，而是帶著組織上秘密的聯(lián)系回到了馮玉祥的西北軍。而此刻的嵇少康也從軍校畢業(yè)，并且參加了軍統(tǒng)培訓(xùn)，成為了軍統(tǒng)特務(wù)，后被派往六十八集團(tuán)軍任情報處長。
　　參加新四軍的汪秀眉在一次受傷后也被組織秘密派去國民黨軍校學(xué)習(xí)無線電報務(wù)，并成功的打入?yún)强朔逅诘牧思瘓F(tuán)軍軍部做報務(wù)員。
　　吳克峰的弟弟吳克嶺改名吳輝，成為共產(chǎn)黨一名優(yōu)秀的諜報人員。嵇少康的妹妹嵇亞琪本是一個思想進(jìn)步的青年，卻因為中統(tǒng)特務(wù)的教唆，最后成為打入解放軍內(nèi)部的棋子，利用和吳輝的親密關(guān)系傳遞大量情報給敵方。
　　臥底將軍分集劇情介紹六十八集團(tuán)軍司令馬淮安的千金馬夢蘭留英歸來。瘋狂的愛上了吳克峰，吳克峰希望發(fā)展馬夢蘭并進(jìn)而影響馬淮安達(dá)成策反大計，卻又無法接受馬夢蘭的愛，馬夢蘭由愛生恨投入了嵇紹康的懷抱。
　　幾個年輕人的命運(yùn)，因為戰(zhàn)爭而糾纏在一起，前史的情感糾葛，如今的諜海沉浮，最終正義戰(zhàn)勝了邪惡，可是各自感情的歸宿又將何去何從?