正德十六年，武宗駕崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言聞被封為太醫(yī)院吏目。 　　李言聞好友吳藥師因治錯(cuò)小郡主的病，被關(guān)入牢中。吳藥師臨終托孤，將女兒吳斯語許配給李時(shí)珍。 　　長大后李時(shí)珍進(jìn)陽明書院學(xué)習(xí)，和荊王府世子朱成翊成為同學(xué)。朱成翊希望拉攏李時(shí)珍為自己所用，卻被李時(shí)珍嚴(yán)詞拒絕。朱成翊遂與李時(shí)珍成了死對頭。 　　李時(shí)珍偶遇一個(gè)美麗的少女朱萇葶，卻發(fā)現(xiàn)她脈象異常，命不久已。李時(shí)珍給她治療多年頑癥，兩人產(chǎn)生愛慕之情。一次偶然的機(jī)會，李時(shí)珍發(fā)現(xiàn)少女居然是荊王府郡主。 　　李時(shí)珍希望能考取功名，得個(gè)一官半職，與萇葶也不是不可能。朱成翊得知李時(shí)珍趕考，便派人買通主考官。 　　李時(shí)珍被考官誣陷舞弊，趕出考場。李時(shí)珍心結(jié)郁積，一病不起。 　　萇葶暗中派人送信與李時(shí)珍商量私奔，得不到任何回應(yīng)，失望之余病情加重，也臥倒不起。荊王急忙下令要李言聞替女兒看診，可是李時(shí)珍命在旦夕，李言聞根本無法離開。危急時(shí)刻，斯語出面坦承自己的藥膳是治療郡主的關(guān)鍵，立下生死狀，進(jìn)入荊王府救治萇葶。 　　成翊要求斯語留在自己身邊，在王府享受榮華富貴，被斯語拒絕。 　　李時(shí)珍終于和斯語完婚，并且跟隨父親正式開始行醫(yī)。　　李時(shí)珍經(jīng)過幾輪考試，終于進(jìn)入太醫(yī)院。 　　此時(shí)朱萇葶拜道士陶仲文為師，整日沉迷于煉丹食丹不能自拔；而藍(lán)行義則和已成為楊妃的楊雪英勾結(jié)，利用所學(xué)醫(yī)術(shù)，在后宮興風(fēng)作浪；朱成翊也來到京城，和嚴(yán)世蕃勾結(jié)一氣，貪淫無道；景王和裕王爭奪太子之位，嚴(yán)嵩和徐階兩派政治斗爭激烈。李時(shí)珍卷入這波瀾詭譎陰謀重重的宮廷斗爭之中…… 　　李時(shí)珍發(fā)現(xiàn)萇葶體內(nèi)有鉛中毒的跡象，于是勸解萇葶暫停服丹，萇葶不聽，兩人發(fā)生激烈爭執(zhí)。 　　李時(shí)珍向嘉靖進(jìn)言，請求皇上別再服食丹藥，嘉靖大怒，駁回他重修本草的提議。嘉靖吃了萇葶進(jìn)獻(xiàn)的長生不老丹藥，忽然病重暈倒。嚴(yán)嵩父子趁機(jī)把責(zé)任推到李時(shí)珍身上，將其下獄。 　　郡主查出其實(shí)始作俑者是朱成翊和嚴(yán)世蕃采辦回來的假鹿茸。嚴(yán)世蕃將朱成翊推到前面成為替罪羊。嘉靖將朱成翊斬首，荊王痛失愛子。 　　李時(shí)珍終于進(jìn)入太醫(yī)院禁地查找武宗之死的真正原因，他發(fā)現(xiàn)武宗之死竟是一個(gè)巨大的陰謀，而且與嘉靖有關(guān)……李時(shí)珍為華南洗冤昭雪的想法成為泡影。 　　郡主積毒已久，終于身亡。李時(shí)珍心灰意冷，萌生去意。他將全部精力投入到修本草上，希望從此人們能辨別真?zhèn)?，世間不再有假藥害人。 　　李時(shí)珍回到蘄州，風(fēng)餐露宿，親身試藥，為修本草收集第一手資料。 　　當(dāng)年的倭寇小藤以商人身份來找李時(shí)珍拜師學(xué)醫(yī)。李時(shí)珍見其誠懇，收留了他。小藤發(fā)現(xiàn)《本草綱目》書稿，頓生賊心。他趁李時(shí)珍不備，偷走書稿。斯語阻止小藤，雖保住了書稿，但不幸被殺害。李時(shí)珍悲痛欲絕。 　　萬歷十四年前后，《本草綱目》編寫完成，王世貞答應(yīng)為該書寫序。萬歷接到王世貞的上疏，下令讓李時(shí)珍進(jìn)京獻(xiàn)書。可正當(dāng)李時(shí)珍準(zhǔn)備動身之際，蘄州附近開始流行“天花”，李時(shí)珍決定暫不進(jìn)京，趕赴疫區(qū)為百姓治病。劇照圖冊2(11張)　　在李時(shí)珍等人的努力下，“天花”得到控制。可李時(shí)珍自己卻因過度勞累病倒了。臨終時(shí)，李時(shí)珍囑咐建元將《本草綱目》進(jìn)奉于朝，福澤天下后世。在幻覺中，李時(shí)珍仿佛看到《本草綱目》被進(jìn)奉給皇上的情景。 　　三年后，李建元將《本草綱目》進(jìn)獻(xiàn)給神宗。 　　神宗派使者將《本草綱目》送往日本、朝鮮等地，使我中華文明福澤世界。